软件简介

PyMOL是由Warren Lyford DeLano编写的一个分子结构显示软件，由于生成的图片质量极高，受到了科研工作者的广泛好评；由PyMOL制作的图像屡次出现在Nature、Science等杂志的封面上，作者自己则称所有发表的蛋白质结构图像中，有1/4的是有PyMOL制作的。2010年，Schrödinger公司从DeLano Scientific LLC手中买下了PyMOL，继续发行PyMOL的商业版。与此同时，PyMOL还有一个由用户赞助的开源版本，相比商业版功能虽然少了一些，但是功能依旧强大。

PyMOL具有图形界面，在图形界面上具有命令行接口，可以输入指令来修改图形参数，同时还兼容少量bash的目录指令。

PyMOL的图形界面

软件安装

PyMOL名字里虽然有一个Py，但是python代码只占其代码总量的10%，C/C++代码占了绝大多数。作为开源软件，它可以在全平台进行安装，我将依次介绍他们的安装方式。

Windows

在Windows下，如果你的电脑没有安装过python环境，首先需要安装python。完成之后直接运行Schrödinger的PyMOL安装包即可，Schrödinger的安装包应该会顺带安装一个python环境。虽然Windows下的安装包不是免费软件，但是你可以去申请一个education license使用，到期了还可以再申请。如果你想从源代码编译使用，那么可以尝试使用Cygwin。

Linux

虽然Schrödinger也提供了Linux下的安装包，但是