GWAs——全基因组关联分析二(质控2)

news/2024/11/7 6:32:50/

接上文GWAs——全基因组关联分析(质控1),此数据集模拟的是祖先来自欧洲西北部的犹他州居民,所以需要将没有欧洲背景的个体从数据集中剔除,即控制群体结构(Population Stratification,群体分层)

一、控制群体结构

1、创建工作目录

不同于教程的目录结构,为了和文章整体结构对应,我将控制群体结构的工作目录放在了质控目录下(1_QC_GWAS)。由于此步骤产生文件数较多,将在子目录(pop_str)下再创建几个目录。

#创建工作目录
cd /{your directory}/GWAs/1_QC_GWAS/
#创建控制群体结构的主目录
mkdir pop_str

http://www.ppmy.cn/news/654947.html

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