PsiNanopore

server/2024/11/18 5:43:07/

PsiNanopore

您可以使用此包通过比较直接文件与IVT文件来计算基因组上位置的p值。p值越低,该位置为假尿苷酸化的可能性越高。我们工具的主要输入文件是对齐的读取(bam文件,请阅读“DNA/RNA测序分析的计算管道”部分中的逐步指南,了解如何从bam文件生成bam文件)。

系统要求

硬件要求

该包只需要一台具有足够RAM的标准计算机来支持内存中的操作。

软件要求

操作系统要求

该包支持macOS,并在以下系统上进行了测试:

macOS: Catalina(10.15.6)

R依赖项
R
  • R(必需 | 推荐版本>/3.6.1)
  • Rstudio(推荐)
R包
  • ggplot2(3.3.5), optparse(1.6.6), BiocManager(1.30.16), Biobase(2.52.0), Rsamtools(2.8.0), BSgenome(1.60.0)(您无需采取任何行动。这些包将在您第一次运行代码时自动安装在您的系统上(如果尚未安装)。

安装指南

首先,下载包(点击页面左上角的绿色按钮,上面写着“code”,然后点击“Download ZIP”)。然后解压缩压缩文件。接下来,打开


http://www.ppmy.cn/server/142823.html

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