PsiNanopore
您可以使用此包通过比较直接文件与IVT文件来计算基因组上位置的p值。p值越低,该位置为假尿苷酸化的可能性越高。我们工具的主要输入文件是对齐的读取(bam文件,请阅读“DNA/RNA测序分析的计算管道”部分中的逐步指南,了解如何从bam文件生成bam文件)。
系统要求
硬件要求
该包只需要一台具有足够RAM的标准计算机来支持内存中的操作。
软件要求
操作系统要求
该包支持macOS,并在以下系统上进行了测试:
macOS: Catalina(10.15.6)
R依赖项
R
- R(必需 | 推荐版本>/3.6.1)
- Rstudio(推荐)
R包
- ggplot2(3.3.5), optparse(1.6.6), BiocManager(1.30.16), Biobase(2.52.0), Rsamtools(2.8.0), BSgenome(1.60.0)(您无需采取任何行动。这些包将在您第一次运行代码时自动安装在您的系统上(如果尚未安装)。)
安装指南
首先,下载包(点击页面左上角的绿色按钮,上面写着“code”,然后点击“Download ZIP”)。然后解压缩压缩文件。接下来,打开