包安装问题解决方案
1. Biocmanager安装
2. 手动安装
文章目录
- 包安装问题解决方案
- 前言
- 一、Rstudio手动安装
- 二、conda手动安装R包
- 2.1 在Linux环境中使用R
- 2.2 anaconda官网包下载
- 总结
前言
大家好✨，这里是bio🦖。点赞+关注不迷路。在上一篇blog中为大家介绍了install.packages()安装包的原理、出错的原因、解决方案以及BiocManager安装方法。但是这并不能解决所有安装包时遇到的各种奇奇怪怪的问题，所以，当上诉方法都不能安装你想使用的包时，手动安装将成为你手中利剑，斩断安装包路上的各种荆棘。
手动安装R包通常用于以下情况：
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CRAN无法访问：有时候由于网络问题或其他原因，无法直接从CRAN（Comprehensive R Archive Network）下载和安装R包。在这种情况下，可以通过手动下载R包的压缩文件，并将其安装到R环境中。
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定制或修改版本：有时候需要安装某个特定版本的R包，或者对R包进行定制修改。手动安装可以让用户选择所需的版本，并且可以自行修改源码后再进行安装。
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安装不常见的或私有的R包：有些R包可能没有被提交到CRAN，或者是私有开发的R包。在这种情况下，用户需要手动下载R包并安装。
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离线安装：在一些情况下，需要在没有网络连接的环境下安装R包。手动安装可以通过在有网络的环境中下载R包，并将其复制到离线环境进行安装。
一、Rstudio手动安装
RStudio是一个集成开发环境（IDE）和图形用户界面（GUI），专门用于R语言编程和数据分析（详情请查阅其官网Rstudio）。当install.packages()和BiocManager::install()安装不成功时，可以从R语言CRAN官网下载二进制源码包，这里以清华源CRAN镜像为例（清华源CRAN镜像）。如下图所示（如果你不是Windows系统，可以返回主页选择你所用系统对应的包目录），你可以寻找你需要的包，点击便可以下载，这里以stringi为例。
当下载成功后，打开Rstudio依次选择Tools----Install Packages，然后在弹出来的窗口选择Browse，找到你下载文件所在目录，选中文件，最后点击Install就完成了手动安装。Rstudio手动安装的介绍就到此为止啦~
二、conda手动安装R包
Conda是一个开源的包管理器和环境管理系统，主要用于安装和管理不同版本的软件包和库。相信有很多小伙伴经常使用conda安装python第三方库，但很少有小伙伴使用它安装R包~。这里为大家介绍如何使用conda安装R包（Linux环境）。
2.1 在Linux环境中使用R
首先确保你能够在Linux环境中使用conda，如果你使用的是Windows电脑可以参考WSL子系统，通过子系统使用Linux环境以及conda。而后运行下面的命令，如果你想使用其他版本的R语言，可以将r-base=4.2修改成其他版本号。
conda create -n r_env r-base=4.2 r-essentials r-languageserver -c conda-forge
完成上述步骤之后，激活环境
conda activate r_env
运行R，检查是否安装成功。如果安装成功，将会进入R语言命令行模式并显示版本号。
RR version 4.2.0 (2022-04-22) -- "Vigorous Calisthenics"
Copyright (C) 2022 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit)R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
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2.2 anaconda官网包下载
安装好R语言环境后，在anaconda官网（anaconda官网）搜索你想要安装的包，注意：R包前面都带 r-，所以当你搜索对应包时，需要在包名前面加r-。如我想下载stringi，在anaconda官方中就要搜索r-stringi。在对应的页面选择Files，然后在下面的框中选择相应系统及版本的包下载。
然后运行下面的命令，记得提供完整的路径~
conda install --use-local your packages name and path
安装完成后，使用library()来验证是否安装成功。
library(stringi)
总结
以上就是今天要讲的内容，为大家介绍了如何使用Rstudio和Conda手动安装。总体来说，手动安装R包是一种灵活的方式，可以帮助用户解决在特定情况下无法通过常规途径安装R包的问题。
