1，bismark比对方法比较简单粗暴，它制作两种类型的基因组：1），将所有的C转化为T的基因组；2），将所有的G转化为A的基因组。它将bisulfate（重chong硫酸盐）处理后的测序reads也进行上述转化，这样也得到两种类型的reads。将两种类型的reads分别比对到两种基因组上，就得到4中比对结果，选择得分最高的比对结果作为最终结果。
示意图如下：
为什么这样做可以？
先看下下面的图：
重硫酸盐处理将未甲基化的C转化为U，PCR后U变成A，进而变成T。任意取一条比对后的reads，经过PCR后得到BSW,BSWR,BSC,BSCR四种reads，因为BSW和BSWR完全互补，BSC和BSCR完全互补，我们只需要取BSW和BSCR去查看就好了（如果BSW能比对上，那么BSWR一定也可以比对上）。
参考基因组往往是单链，我们选择Watson链作为参考基因组，它可以制作两种类型的参考基因组：
1，ATGTTTGTTTGAG
2，ACATTCACTTAAA
BSW也可以制作两种：
1，ATGTTTGTTTGAG
2，ACATTTATTTAAA
BSCR也可以制作两种：
1，ATGTTTATTTAAA
2，ACATTCACTTAAA
可以看到BSW的1和BSCR的2分别与参考基因组的1和2完美匹配。
可能导致错误的地方：1，SNP位点；2，PCR引入的错误；3，重硫酸盐导致的突变；4，测序错误。
2，bsmap容许有T比对到C或者T上，而C只能比对到C上，用容许错配的方法代替了上述制作多个基因组的问题。
具体比对过程可以通过下面两种方式实现（bsmap文章中未写明）
1，watson链和crick链都用来做参考基因组，这样只要容许有T比对到C或者T上，就可以实现所有的比对；
2，只用watson链做参考基因组，既需要容许有T比对到C或者T上，又需要容许A比对到A或G上。
