一.获得meg的文件
1.获得序列(没有的可以找我)
序列链接:链接:https://pan.baidu.com/s/1dhhn_W4ys-VEo5fxB1Z9ow
提取码:1234
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2.直接拉到mega的软件图标上,打开
3.然后align
4.根据自己的需要选择参数,这里我选择默认
5.比对(可能会花很长时间)
6.保存为meg文件
在data里第七项,export alignment ,选择第一种文件格式。
二.建立矩阵
1.在mega主页面,file打开你的meg文件
2.会出现
3.选择建立矩阵按钮,然后选第一项
4.设置合适的参数(自行选择)
5.得到矩阵,可以导出,也可以直接截图。
三.建立进化树
1.和建立矩阵一样,点击下图的按钮,然后选第一项
2.选择合适的参数
3.运行,下图到100就可以stop,如果愿意等也可以
4.在画树完成以后,我们可以看到两个图,第一个叫做Original Tree 还有一 个是Bootstrap consensus tree。
5.修改内容,添加标注
这里所有的修改都在view->Tree options中。
6.导出
在Image中中我们可以导出PDF或者PNG格式的图片。
四。S蛋白和M蛋白也一样