前言
笔者在进行进行经颅磁刺激(TMS)研究时，想要将元分析得到的目标脑区（MNI标准空间中）精确定位到被试的个体化T1上（原始空间）。再基于visor2的TMS仿真导航系统进行干预，在这里分享一下如何基于ANTs配准工具快速实现这一过程。
目录
前言
软件介绍
1.ANTs软件简介
2.Visor2导航软件简介
配准步骤：
第一步是空间转换矩阵的获取：
第二步是目标区域的空间转换：
编辑
第三步是图像增强与叠加处理：
总结
软件介绍
1.ANTs软件简介
Advanced Normalization Tools (ANTs) 是一款功能强大的医学图像配准和分割工具包。它最突出的特点是提供了高精度的图像配准算法，特别是其中的SyN（Symmetric Normalization）算法，在跨被试和跨模态的图像配准中表现优异。
笔者虽然平时也会用DPABI和spm等工具包，但很喜欢ANTs的轻量化使用和多模态数据处理能力，所以平时随手玩玩数据都用它搞定~
ANTs下载链接
2.Visor2导航软件简介
Visor2是一款专业的经颅磁刺激（TMS）导航软件，最大的优势在于能够实时显示线圈位置与目标脑区的空间关系，确保TMS刺激的精确性。该软件支持导入个体的MRI结构像，并可以叠加功能性数据或ROI区域。它的3D可视化界面直观友好，可以从多个角度观察刺激位置。
配准步骤：
第一步是空间转换矩阵的获取：
首先使用ANTs软件包将MNI标准空间的T1模板配准到被试个体的T1结构像上。通过这个配准过程，我们获得了一个精确描述两个空间关系的Affine变换矩阵，这个矩阵包含了从标准空间到个体空间的转换信息。
antsRegistration --dimensionality 3 \--output '[output_,output_warped.nii.gz]' \--transform 'Rigid[0.1]' \--metric 'MI[fixed.nii,moving.nii,1,32]' \--convergence '[1000x500,1e-6,10]' \--shrink-factors 8x4 \--smoothing-sigmas 3x2vox第二步是目标区域的空间转换：
有了第一步获得的转换矩阵，我们就可以将目标ROI从标准空间转换到个体空间中。这个过程仍然使用ANTs工具包。
antsApplyTransforms -d 3 \-i /Users/rose/Desktop/TMS_T1/rIFGtarget.nii \-r /Users/rose/Desktop/TMS_T1/dhx_raw_T1.nii \-t /Users/rose/output_0GenericAffine.mat \-o rIFG_warped.nii第三步是图像增强与叠加处理：
笔者本来是想在Visor2系统里直接导入ROI的cluster的，但没有找到直接导入和显示独立ROI文件的方法。（如果有人知道怎么搞plz私信告诉我。）
于是采用了一个替代方案：将ROI的信号强度放大1000倍，然后将增强后的ROI与原始的个体T1图像进行叠加。这样处理后的图像既保留了原始解剖结构信息，又能清晰地显示出目标刺激区域，非常适合在Visor2导航系统中使用。这种方法虽然是一种变通的解决方案，但效果良好，能够满足TMS导航定位的需求。
# 步骤一：ROI强度增强
ImageMath 3 output_ROI_1000.nii m input_ROI.nii 1000# 步骤二：图像叠加
ImageMath 3 final_overlay.nii + subject_T1.nii enhanced_ROI.nii总结
本文介绍了一个利用ANTs工具将标准空间ROI转换到个体空间，并在Visor2导航系统中实现可视化的完整流程。这个方法虽然在处理ROI显示时采用了较为简单的叠加方案，但应该会影响仿真的精确度。当然，期待Visor2未来版本能够支持独立ROI文件的导入和显示控制。希望这个经验分享能够帮助到同样需要进行TMS定位的研究者们，如果大家有更好的处理方案，也欢迎交流讨论。
