代谢组数据分析(二十一):通过MetaboAnalystR标准化构建sPLSDA预测模型

news/2024/11/7 8:56:14/

禁止商业或二改转载,仅供自学使用,侵权必究,如需截取部分内容请后台联系作者!

在这里插入图片描述

文章目录

    • 介绍
      • MetaboAnalystR标准化
      • sPLSDA分析
    • 安装需要的R包
    • 加载R包
    • 导入数据
    • MetaboAnalystR标准化
      • 数据初始化
      • 数据清洗
      • 数据补足
      • 数据过滤
      • 数据标准化
      • 导出结果
    • sPLSDA分析
      • 导入数据
      • 数据预处理
      • PCA分析
      • PLS-DA分析
      • sPLS-DA分析
        • 调节参数
        • 最终模型
        • 评估模型效果
        • 代谢物选择
        • sPLS-DA图
    • 系统信息

介绍

本教程集合MetaboAnalystR包数据标准化以及mixOmics的sPLSDA分析两个功能,详细介绍R代码复现的案例。

MetaboAnalystR标准化

MetaboAnalystR 是一个基于R语言的开源工具包,用于代谢组学数据分析。在处理代谢组数据时,它有一套自己的流程,其中最开始的步骤是构建 InitDataObjects 数据对象。以下是使用 MetaboAnalystR 进行数据预处理的详细流程:

  • 在数据上传到 MetaboAnalystR 之后,需要进行数据的预处理工作,这包括数据完整性检测、数据标准化和中心化等转化,以准备进入下游分析。
  • 数据预处理的具体步骤可能包括:
    • 数据清洗:去除缺失值或异常值。
    • 数据补足:补充缺失值。
    • 数据标准化:使数据具有可比性,例如通过归一化或标准化处理。

http://www.ppmy.cn/news/1545018.html

相关文章

「Mac畅玩鸿蒙与硬件32」UI互动应用篇9 - 番茄钟倒计时应用

本篇将带你实现一个番茄钟倒计时应用,用户可以设置专注时间和休息时间的时长,点击“开始专注”或“开始休息”按钮启动计时,应用会在倒计时结束时进行提醒。番茄钟应用对于管理时间、提升工作效率非常有帮助,并且还会加入猫咪图片…

Ubuntu 安装 RTL8811cu 网卡驱动

一、支持的网卡 RTL8811AU、RTL8811CU、RTL8821AU、RTL8821CU 二、下载驱动 github:https://github.com/brektrou/rtl8821CU 直接下载zip源码即可 三、安装驱动 sudo su -i #切换到root用户 apt-get update #更新安装源 apt-get install -y dkms …

书生大模型第三关Git 基础知识

关卡编号:L0G3000 任务一 破冰行动 fork仓库,注意这里不要勾选Copy branch Only!!!,因为后面课程中会使用到class分支: 克隆仓库: 移动分支: 创建自己的分支: 创建id.md文档,…

【Rust日报】CubeCL 0.3版本发布,扩展了对AMD GPU的支持

just - 用于保存和运行特定于项目的命令的实用工具 just是一个用于保存和运行特定于项目的命令的实用工具。它的语法受到make的启发,但比make简单很多,避免了很多复杂性和特殊情况。just支持Linux、macOS和Windows,无需额外依赖。它提供了详细的错误信息、命令行参数支持、环境…

MySQL 数据库基准测试报告

MySQL 数据库基准测试报告 1. 引言 数据库基准测试是一项重要的性能评估活动,旨在通过模拟实际的工作负载,测试数据库在不同条件下的表现。这些测试有助于发现性能瓶颈并提供优化的依据。在本报告中,我们将基于 sysbench 工具对 MySQL 数据…

大厂面试真题-很多系统会使用netty进行长连接,连接太多会有问题吗

使用Netty进行长连接时,机器数量过多确实可能会因为连接数量过多而引发问题。这些问题主要涉及系统资源消耗、连接管理、性能优化等方面。以下是对这些潜在问题的详细分析: 一、系统资源消耗 文件句柄限制: 在Linux等操作系统中,…

画动态爱心(Python-matplotlib)

介绍 氵而已 由于用的是 AI,注释得非常清楚,自己改改也可以用 代码 # -*- coding: utf-8 -*- # Environment PyCharm # File_name 尝试1 |User Pfolg # 2024/11/05 22:45 import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import matplot…

Redis 基础数据改造

优质博文:IT-BLOG-CN 一、服务背景 基础数据查询服务:提供航司(5000家)、机场(4000)、票台(40000)、城市(4000)等基础数据信息。 痛点一:因为基…