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文章目录
- 介绍
- MetaboAnalystR标准化
- sPLSDA分析
- 安装需要的R包
- 加载R包
- 导入数据
- MetaboAnalystR标准化
- 数据初始化
- 数据清洗
- 数据补足
- 数据过滤
- 数据标准化
- 导出结果
- sPLSDA分析
- 导入数据
- 数据预处理
- PCA分析
- PLS-DA分析
- sPLS-DA分析
- 调节参数
- 最终模型
- 评估模型效果
- 代谢物选择
- sPLS-DA图
- 系统信息
介绍
本教程集合MetaboAnalystR包数据标准化以及mixOmics的sPLSDA分析两个功能,详细介绍R代码复现的案例。
MetaboAnalystR标准化
MetaboAnalystR 是一个基于R语言的开源工具包,用于代谢组学数据分析。在处理代谢组数据时,它有一套自己的流程,其中最开始的步骤是构建 InitDataObjects
数据对象。以下是使用 MetaboAnalystR 进行数据预处理的详细流程:
- 在数据上传到 MetaboAnalystR 之后,需要进行数据的预处理工作,这包括数据完整性检测、数据标准化和中心化等转化,以准备进入下游分析。
- 数据预处理的具体步骤可能包括:
- 数据清洗:去除缺失值或异常值。
- 数据补足:补充缺失值。
- 数据标准化:使数据具有可比性,例如通过归一化或标准化处理。