1、实质审查是应申请人请求而作出的，且申请人需要同时缴纳费用，如果申请人在规定期限内未缴纳此项费用或未提出请求，则所提出的发明申请，即使已经公布，也将因此被视为撤回，也就是白白贡献给社会而不能获得专利权。初步审查请求则是提交申请之时默认提出的，申请人只需缴纳基本的申请费和公布费并提交符合法律要求的文件即可令其申请进入初步审查程序。

2、实质审查的内容比初步审查要多得多，要求也相对严格了很多，在新颖性、创造性和实用性、说明书公开程度、权利要求撰写是否符合要求等方面设立了更高的标准。符合标准则获得授权，不符合标准则被驳回。

3、因为标准更高、审查员工作量更大，所以实质审查程序持续时间也比初步审查要长很多。此期间内，申请人需要根据审查员的要求，在规定时间内提交答复意见和对申请文件的修改，直至申请文件符合授权标准。否则审查员有权予以驳回。