蛋白质相互作用在机体的多种病理生理过程中扮演着至关重要的角色。绝大多数蛋白质分子需要通过与其他蛋白质的相互作用才能实现其生物学功能。因此，深入研究蛋白质相互作用组学对于阐明机体病理和生理过程的发生发展机制具有重要的科学意义。
目前，蛋白质相互作用组学研究主要采用以下几种技术：免疫共沉淀质谱分析（IP-MS）、共免疫共沉淀质谱分析（Co-IP MS）以及亲和纯化质谱分析（AP-MS）。本文将系统阐述这些技术的核心原理，详细分析其各自的优势与局限性，探讨其适用范围，并介绍本公司在相关领域参与发表的文章。
一、实验原理
IP-MS： IP-MS是研究蛋白质相互作用的一种常用技术，其核心原理基于抗原与抗体的特异性结合。该技术通过利用特异性抗体与目标蛋白（抗原）结合，形成抗原-抗体复合物，随后通过免疫沉淀的方式将复合物分离出来。最后，结合质谱技术对复合物中的蛋白质进行鉴定和定量分析，从而实现对目标蛋白及其相互作用蛋白的检测与表达分析。
IP-MS步骤：1.加入IP裂解液及抑制剂提取蛋白；2.将特异性抗体与磁珠等固相载体相结合；3.将提取到的蛋白混合物与抗体-磁珠一起孵育，使其相结合；4.洗脱，将结合后的复合物沉淀下来；5.LC-MS/MS检测复合物沉淀，检测结合蛋白表达情况。
CoIP-MS：Co-IP MS分析是在IP-MS分析基础上发展而来的一种技术，主要用于鉴定与目标蛋白相互作用的蛋白质，并进一步揭示它们之间的结合方式。其原理是利用特异性抗体与目标蛋白结合，若目标蛋白与其他蛋白质存在相互作用，则会形成“特异性抗体-目标蛋白-互作蛋白”复合物。通过免疫沉淀分离该复合物后，结合质谱技术对复合物中的蛋白质进行鉴定，从而获得与目标蛋白相互作用的蛋白质信息。
CoIP-MS步骤：步骤与IP-MS步骤相似，但是洗脱后的复合物不同，IP-MS为“磁珠-抗体-抗原”复合物，CoIP-MS为“磁珠-抗体-目标抗原-互作抗原”复合物。
AP-MS：AP-MS分析的原理与Co-IP MS类似，但其操作方式有所不同。AP-MS无需使用抗体，而是通过将标签（如Strep标签、FLAG标签等）与诱饵蛋白进行融合表达。融合表达的诱饵蛋白及其相互作用蛋白可通过链霉亲和素（Strep）磁珠等特异性亲和介质进行纯化。随后，将实验组与对照组的样品分别进行质谱分析，并通过比对两组蛋白质谱数据的差异，即可准确鉴定出与诱饵蛋白相互作用的蛋白质。这种方法避免了抗体的使用，提高了实验的特异性和可重复性。
AP-MS步骤：1.将标签和诱饵蛋白融合表达，形成载体；2.在目标细胞中过表达带有标签的诱饵蛋白；3.将细胞裂解液与磁珠孵育；4.洗脱得到蛋白互作复合物；5. LC-MS/MS检测复合物。
二、优缺点
| CoIP-MS | |||
| 优点 | 1.操作过程简便，可以适用于多种样本。 2.可以选择性的富集结合蛋白。 | 1.具有较高的灵敏度和特异性。 2.可以了解目标蛋白和结合蛋白相互作用方式。 | 1.具有较高的灵敏度和特异性。 2.可以避免加入抗体导致的污染。 |
| 缺点 | 1.对抗体的特异性要求较高，容易出现假阳性。 | 1.成本较高、操作较为复杂。 2.对抗体的要求高。 | 1.无法确定所鉴定到的蛋白是否与诱饵蛋白相互作用。 |
三、适用范围
1. 适用于鉴定已知蛋白质的潜在相互作用蛋白。
2. 适用于研究在天然生理条件下蛋白质的相互作用。
3. 常用于验证已知蛋白质复合物的组成或筛选新的相互作用蛋白。
4. 适用于研究低丰度蛋白质的相互作用，因为抗体可以特异性富集目标蛋白。
1. 适用于研究蛋白质相互作用网络，尤其是多蛋白复合物的组成。
2. 适用于验证蛋白质之间的直接或间接相互作用。
3. 常用于研究信号通路、蛋白质功能模块或复合物的动态组装。
4. 适用于研究在特定生理或病理条件下蛋白质相互作用的变化。
1. 适用于大规模筛选蛋白质相互作用网络。
2. 适用于研究蛋白质复合物的组成及其动态变化。
3. 常用于研究标签融合蛋白的相互作用，避免抗体干扰。
4. 适用于高通量蛋白质相互作用研究，尤其是在模式生物或工程细胞系中。
四、本公司合作发表的相关文章
| CoIP-MS | |||
| 篇数 | 10 | 17 | 3 |
| 总影响因子 | 153.5 | 152 | 25.5 |
下面分享一下每种方法影响因子较高的文章，希望能给各位小伙伴提供思路。
IP-MS：Li H, Zhang Y, Rao G, et al. Rift Valley fever virus coordinates the assembly of a programmable E3 ligase to promote viral replication. Cell. 2024;187(24):6896-6913.e15. doi:10.1016/j.cell.2024.09.008（IF=45.5）
Co-IP MS：He F, Gong Y, Tao G, et al. Targeting the LMP1-ALIX axis in EBV+ nasopharyngeal carcinoma inhibits immunosuppressive small extracellular vesicle secretion and boosts anti-tumor immunity. Cancer Commun (Lond). 2024;44(12):1391-1413. doi:10.1002/cac2.12619（IF=20.1）
AP-MS：Dai S, Min YQ, Li Q, et al. Interactome profiling of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus glycoproteins. Nat Commun. 2023;14(1):7365. Published 2023 Nov 14. doi:10.1038/s41467-023-43206-1（IF=14.7）
