参考：
基于RNAfold预测RNA的二级结构（命令行版）-CSDN博客
https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/124251189

TBI - ViennaRNA Package 2
https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/

编译vim8提示if_perl.xs:57:20: fatal error: EXTERN.h: No such file or directory-CSDN博客
https://blog.csdn.net/github_34777264/article/details/103781068

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安装

RNAfold是封装在ViennaRNA包中的，实际是安装ViennaRNA包。

首先去官网下载安装包，如果需要最新版本，直接在这里（https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/）下载即可。

我需要老一些的版本（2.4.13），所以去github上选择对应版本：

https://github.com/ViennaRNA/ViennaRNA

如果无法访问github可以私信我要这个安装包（2.4.13，tar.gz格式）

将下载好的安装包放到服务器对应位置，按照官网的方式编译：

tar -zxvf ViennaRNA-x.x.x.tar.gz
cd ViennaRNA-x.x.0
./configure
make
sudo make install

需要注意的是，只有当出现下面的信息时才表示./configure正常结束了：

Install Directories
-------------------* Executables               : /usr/local/bin....(scripts)               : /usr/local/lib/python3.8/site-packagesYou can run 'make', 'make check' and 'make install' now!

安装成功后，检查一下：

(base) [root@localhost software]# RNAfold --version
RNAfold 2.4.13
(base) [root@localhost software]# whereis RNAfold
RNAfold: /usr/local/bin/RNAfold

报错

没有g++

configure的时候可能有这样的报错信息：

configure:5127: checking for g++
configure:5157: result: no

此时需要安装g++：

yum install -y gcc-c++

测试是否成功安装：

g++ -v

执行make时：EXTERN.h: No such file or directory

yum install perl-ExtUtils-Embed

一些环境变量失效

make install之后好像会重新设置环境变量，建议source ~/.bashrc。