SCOP(Structural Classification of Proteins)数据库和CATH数据库是两种常用的蛋白质结构分类系统,它们通过不同的方法对已知的蛋白质三维结构进行分类,帮助研究人员理解蛋白质的进化关系和功能。
SCOP数据库简介 SCOP| Structural Classification of Proteins
SCOP(Structural Classification of Proteins)是一个基于蛋白质三维结构的手工分类系统,由研究者通过分析蛋白质结构的相似性和进化关系手动构建。SCOP的分类层次如下:
- 家族(Family):基于高序列相似性,将具有相似结构和功能的蛋白质放在一起。
- 超家族(Superfamily):即使序列相似性较低,但仍然推测具有共同进化起源的蛋白质结构会被归类为同一超家族。
- 结构域(Domain):SCOP中的基本分类单元,代表蛋白质结构中能够独立折叠且具有功能的部分。
- 层次(Hierarchy):从细节到广义分为家族、超家族、折叠(fold)和等级。
SCOP每隔一段时间手动更新一次,旨在通过结构和功能上的相似性对蛋白质进行更精细的划分。