生物信息
2024/9/20 7:18:26
详细介绍gnomAD
字段含义介绍：
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2020/04/08/531210/DC1/embed/media-1.pdf?downloadtrue 版本更新 gnomAD v3.0 | MacArthur Lab
Anndata: AttributeError: ‘DataFrame’ object has no attribute ‘dtype’
Anndata: AttributeError: ‘DataFrame’ object has no attribute ‘dtype’ 背景解决方法 背景
在使用anndata做切片时，比如下面这样的例子
sub_rna rna[:10] # rna is anndata出现如下报错：
AttributeError: ‘DataFrame’ object has no attribu…
为什么有些时候prefetch下载不只一个sra文件
一些SRA文件使用prefetch的时候，会下载多个文件，例如SRR11579188
$ ls
CM000663.2 CM000666.2 CM000669.2 CM000672.2 CM000675.2 CM000678.2 CM000681.2 CM000684.2 J01415.2
CM000664.2 CM000667.2 CM000670.2 CM000673.2 CM000676.2 CM000679.2 CM000682.2…
python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。
本团队提供生物医学领域专业的AI（机器学习、深度学习）技术支持服务。如果您有需求，请扫描文末二维码关注我们。 python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。
def get_gene_location(gene_symbol):…
Bio-Linux-shell详解-2-基本Shell命令快速掌握
Bio-Linux-shell详解-1-从0开始-CSDN博客
想了解基本知识可以先看上文，本次我们讲述一些Shell的基本命令。 目录
1.shell输入命令
2.man命令查看说明文档
3.文件查看命令
（1）linux文件结构
（2）cd切换工作目录
&…
Bio-Linux-shell详解-2-基本Shell命令快速掌握
Bio-Linux-shell详解-1-从0开始-CSDN博客
想了解基本知识可以先看上文，本次我们讲述一些Shell的基本命令。 目录
1.shell输入命令
2.man命令查看说明文档
3.文件查看命令
（1）linux文件结构
（2）cd切换工作目录
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BERN2（生物医学领域）命名实体识别与命名规范化工具
BERN2: an advanced neural biomedical named entity recognition and normalization tool
《Bioinformatics》2022 1 摘要
NER和NEN：在生物医学自然语言处理中，NER和NEN是关键任务，它们使得从生物医学文献中自动提取实体（如疾病…
python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。
本团队提供生物医学领域专业的AI（机器学习、深度学习）技术支持服务。如果您有需求，请扫描文末二维码关注我们。 python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。
def get_gene_location(gene_symbol):…
python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。
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关于我的生信笔记开通《知识星球》
关于知识星球
1. 为什么到现在才开通《知识星球》
从很早关注我的同学应该了解小杜的知识分享历程，小杜是从2021年11月底开始进入此“坑”，一直坚持到现在，马上3年了（24年11月底到期）。自己也从一个小青年࿰…
Python散点图矩阵代码模版
本文分享Python seaborn实现散点图矩阵代码模版，节选自👉嫌Matplotlib繁琐？试试Seaborn！
散点图矩阵（scatterplot matrix）展示原始数据中所有变量两两之间关系，可以规避单一统计指标的偏差&…
BERN2（生物医学领域）命名实体识别与命名规范化工具
BERN2: an advanced neural biomedical named entity recognition and normalization tool
《Bioinformatics》2022 1 摘要
NER和NEN：在生物医学自然语言处理中，NER和NEN是关键任务，它们使得从生物医学文献中自动提取实体（如疾病…
pythonnet-C#调用python脚本-含matplotlib+biopython
本地环境： win10，.NET Core 6，Python 3.9.13，pythonnet 3.0.3 测试的包：biopython 1.82，matplotlib 3.5.2
参考：
GitHub - pythonnet/pythonnet: Python for .NET is a package that gives Py…
python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。
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def get_gene_location(gene_symbol):…