Linux中安装R及相关的R包(DESeq或edgR),无数次试错,终于成功了!
- 前言
- 一、通过Conda安装R
- 二、DESeq安装
- 三、报错
- 总结
前言
历时一天半,无数次的试错,终于成功了!苍天啊!太痛苦了简直。由此我相信有些事情一定要坚持,终会看到希望的!
提示:以下是本篇文章正文内容,下面案例可供参考
一、通过Conda安装R
首先我们通过conda安装指定版本的R
#安装4.0.2版本的R
conda install -c conda-forge r-base=4.0.2 -y
#创建虚拟环境
conda create -n R4.0.2
#激活
conda activate
二、DESeq安装
在安装DESeq之前我们先安装XML和data.table这两个非常重要的包
#为了和R的版本适配,可以通过命令行查看与R4.0.2版本匹配的XML和data.table
conda search -c bioconda XML
conda search -c bioconda data.table
#通过上面命令能查询到相应的版本,再通过conda进行安装
conda install -c conda-forge r-xml=3.98_1.19 -y
conda install -c conda-forge r-data.table=1.12.2 -y
#进入R,指定一个镜像,提高下载速度
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
#安装BiocManager,注意版本为3.11
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version="3.11")
library(BiocManager)
BiocManager::install("edgeR")
三、报错
安装edgeR包时出现以下错误:
根据图中我们可以看出就是缺相应的依赖包,但我根据提示去conda查找了,缺的“lofict”确实没有。强烈建议通过下面的命令行进行安装。
##注意:这是在R 的交互命令行上运行的哦
install.packages('https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/locfit/locfit_1.5-9.2.tar.gz',repos = NULL)
最后,如下图安装成功!
总结
参考来源:
(1)https://zhuanlan.zhihu.com/p/164886255
(2)[R如何安装指定版本的bioconductor包?]:(https://www.coder.work/article/)
(3)https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/lattice/