chmod命令实质上是用来修改文件或目录的访问权限的命令。它通过修改文件或目录的访问控制列表（Access Control List，ACL）来实现权限的更改。

在Linux系统中，每个文件或目录都有一个表示其权限的数字值，即用三个八进制数字来表示文件或目录的访问权限。每个数字代表了不同的用户组或用户类型的权限，分别是所有者（owner）、群组（group）和其他用户（others）。具体的权限值分别为"读"（Read，读取文件的权限）、"写"（Write，修改文件的权限）和"执行"（Execute，执行文件或访问目录的权限）。

当使用chmod命令来修改文件或目录的权限时，它实际上会按照指定的权限值重新设置文件或目录的ACL。命令的语法通常是`chmod <权限值> <文件或目录>`。

在底层，chmod命令通过系统调用来修改ACL。系统调用会将新的权限值传递给操作系统内核，然后内核根据传入的权限值更新文件或目录的ACL。只有具有足够权限的用户才能修改文件或目录的ACL。

总体而言，chmod命令的实现原理是通过修改文件或目录的ACL来实现权限的更改。这样可以确保只有具有足够权限的用户才能对文件或目录进行读、写或执行操作。

假设有一个Linux原生应用程序，用于管理用户信息的存储。在该应用程序中，一个名为 "users.txt" 的文件用于存储用户的敏感信息，例如用户名、密码等。为了保护这些敏感信息，我们需要在应用程序开发过程中考虑设置适当的文件权限。

首先，我们可以使用chmod命令来限制对"users.txt"文件的访问权限。假设只有应用程序的运行用户和超级用户有读写权限，其他用户没有任何权限。

在开发过程中，我们可以在应用程序启动时使用以下命令修改文件的权限：
```
chmod 600 users.txt
```
这会将文件权限设置为 `-rw-------`，即只有文件所有者（应用程序运行用户）拥有读写权限，其他用户没有任何权限。

通过这样的设置，我们确保只有应用程序能够读取和修改"users.txt"文件中的敏感信息，其他用户无法访问该文件，从而保护用户的隐私和安全。

在实际部署中，我们还需要确保应用程序的运行用户是唯一的，并且只有有权的人员才能修改或访问该用户列表文件。此外，我们还可以使用其他的访问控制机制，如用户和组管理，来进一步加强对文件的访问控制。