Differetial Analysis

差异分析的目的是为了筛选代谢物标记物，常用的方法有以下几种

• 倍数变化法 (Fold Change)，也有基于log2的Fold change，计算组间倍数变化

• T检验，计算组间均值的t统计量差别

• PLS-DA或OPLS-DA的VIP(Variable Importance for the Projection，变量投影重要度)，计算代谢物在投影平面坐标的重要度打分，个人理解有点类似主成分的特征系数

安装MicrobiomeAnalysis包

• MicrobiomeAnalysis可提供下面分析使用的函数

if (!requireNamespace(c("remotes", "devtools"), quietly=TRUE)) {install.packages(c("devtools", "remotes"))
}
remotes::install_github("HuaZou/MicrobiomeAnalysis")

加载R包

knitr::opts_chunk$set(message = FALSE, warning = FALSE)
library(tidyverse)
library(ropls)
library(SummarizedExperiment)
library(MicrobiomeAnalysis)
library(ggpl