AF3 drmsd函数解读

server/2025/2/12 19:33:53/

drmsd(distance Root Mean Square Deviation,距离均方根偏差)函数在AlphaFold3的 src.utils.validation_metrics模块中定义,用于计算两个蛋白质结构(或其他分子结构)之间的距离偏差。它衡量了两个结构的 成对原子间距离 差异,而不是直接比较原子坐标。这种度量方式比 RMSD(Root Mean Square Deviation,均方根偏差)更能反映全局结构差异,因为它不会受到全局对齐的影响。

源代码:

import torch
from typing import Optionaldef drmsd(structure_1: torch.Tensor, structure_2: torch.Tensor, mask: Optional[torch.Tensor] = None) -> torch.Tensor:"""Calculate the distance Root Mean Square Deviation (dRMSD) between two structures.Args:structure_1 (torch.Tensor): First structure of shape [..., N, 3]structure_2 (torch.Tensor): Second structure of shape [..., N, 3]mask (Optional[torch.Tensor]): Mask of shape [..., N] indicating valid positionsReturns:torch.Tensor: The dRMSD between the two structures"""def pairwise_distances(structure: torch.Tensor) -> torch.Tensor:"""Calculate pairwise distances within a structure."""diff = structure[..., :, None, :] - structure[..., None, :, :]return torch.norm(diff, dim=-1)d1 = pairwise_dis

http://www.ppmy.cn/server/167133.html

相关文章

Unity使用iTextSharp导出PDF-02基础结构及设置中文字体

基础结构 1.创建一个Document对象 2.使用PdfWriter创建PDF文档 3.打开文档 4.添加内容,调用文档Add方法添加内容时,内容写入到输出流中 5.关闭文档 using UnityEngine; using iTextSharp.text; using System.IO; using iTextSharp.text.pdf; using Sys…

DeepSeek入门到精通!(清华大学104页ppt下载)

还在为找一款趁手的国产开源 AI 工具发愁?《DeepSeek:从入门到精通》1.0 版现已发布!这本由清华教授团队打造的手册,是你了解 DeepSeek 的最佳指南。无论你是 AI 新手,还是想突破瓶颈,都能从中找到成长的捷…

技术革新让生活更便捷

量子通信是一种利用量子力学原理进行信息传递的技术。它的基本原理是量子纠缠和量子密钥分发。量子纠缠指两个粒子即使相隔很远,一个粒子的状态改变会立刻引起另一个粒子状态的相应变化。量子密钥分发则是通过量子态传输实现加密密钥的安全交换。 在信息安全领域&a…

https的论述

HTTPS(HyperText Transfer Protocol Secure)是HTTP协议的安全版本,用于保护数据传输的安全性和完整性。在HTTPS中,通过使用SSL(Secure Socket Layer)或TLS(Transport Layer Security&#xff09…

图片的基本操作

1.1. 图片基本操作 1.1.1. 图片读取 使用 cv2.imread() 函数可以读取图片文件。OpenCV 默认以 BGR 格式读取彩色图像。 import cv2# 读取图片 image cv2.imread("example.jpg") # 读取彩色图像 # image cv2.imread("example.jpg", cv2.IMREAD_GRAYSC…

肝了半年,我整理出了这篇云计算学习路线(新手必备,从入门到精通)

大家好!我是凯哥,今天给大家分享一下云计算学习路线图。这是我按照自己最开始学习云计算的时候的学习路线,并且结合自己从业多年所涉及的知识精心总结的云计算的思维导图。这是凯哥精心总结的,花费了不少精力哦,希望对…

PDF 文件的安全功能概述

由于安全问题始终存在,我们希望重点介绍 PDF 文件格式提供的一些安全功能。如果您希望控制或限制用户可以执行的操作,这些功能可以启用。本文将介绍可以阻止哪些类型的操作,以及可以实施哪些不同的身份验证技术来提高 PDF 的安全性。 可以控制…

DeepSeek r1本地安装全指南

环境基本要求 硬件配置 需要本地跑模型,兼顾质量、性能、速度以及满足日常开发需要,我们需要准备以下硬件: CPU:I9内存:128GB硬盘:3-4TB 最新SSD,C盘确保有400GB,其它都可划成D盘…