Biopython
中的 MMCIFParser
模块是专门用于解析 .mmCIF
(Macromolecular Crystallographic Information File)格式文件的工具。.mmCIF
是一种常用于存储生物大分子(如蛋白质、核酸等)三维结构信息的标准格式,它是 PDB 格式的替代格式,能够存储更复杂、更丰富的结构数据。
MMCIFParser
主要用于从 .mmCIF
文件中提取结构信息,类似于 PDBParser
用于解析 PDB 文件。该模块可以将文件解析为 Structure
对象,方便用户通过 Python 代码访问和操作生物大分子的结构信息。
MMCIFParser
基本使用流程
-
导入模块:
MMCIFParser
位于Bio.PDB
模块下,因此需要从Bio.PDB
导入它。 -
解析
.mmCIF
文件: 通过MMCIFParser
,你可以解析.mmCIF
文件并获取蛋白质结构对象,接着可以遍历模型、链、残基、原子等层次的结构信息。 -
典型用途:
- 提取蛋白质结构中的链、序列、原子坐标等信息。
- 获取晶体学对称操作信息。
- 用于生物大分子的计算和建模工作。