biopython MMCIFParser模块介绍

ops/2024/9/23 23:27:22/

Biopython 中的 MMCIFParser 模块是专门用于解析 .mmCIF(Macromolecular Crystallographic Information File)格式文件的工具。.mmCIF 是一种常用于存储生物大分子(如蛋白质、核酸等)三维结构信息的标准格式,它是 PDB 格式的替代格式,能够存储更复杂、更丰富的结构数据。

MMCIFParser 主要用于从 .mmCIF 文件中提取结构信息,类似于 PDBParser 用于解析 PDB 文件。该模块可以将文件解析为 Structure 对象,方便用户通过 Python 代码访问和操作生物大分子的结构信息。

MMCIFParser 基本使用流程

  1. 导入模块: MMCIFParser 位于 Bio.PDB 模块下,因此需要从 Bio.PDB 导入它。

  2. 解析 .mmCIF 文件: 通过 MMCIFParser,你可以解析 .mmCIF 文件并获取蛋白质结构对象,接着可以遍历模型、链、残基、原子等层次的结构信息。

  3. 典型用途

    • 提取蛋白质结构中的链、序列、原子坐标等信息。
    • 获取晶体学对称操作信息。
    • 用于生物大分子的计算和建模工作。

基本用法示例


http://www.ppmy.cn/ops/115012.html

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