如果您已经在本地电脑上对项目进行了修改并将其同步到了Gitee上，现在希望将服务器上的文件与Gitee同步，并且避免重新安装依赖，您可以按照以下步骤进行操作：

1. 在服务器上，进入Flask项目的目录。您可以使用命令行终端或SSH连接来执行以下步骤。

2. 确保您已经安装了Git。如果没有安装，请先安装Git。

3. 使用以下命令将服务器上的Git仓库与Gitee项目关联起来：

   ```
   git remote add origin <Gitee项目URL>
   ```

   将 `<Gitee项目URL>` 替换为您的Gitee项目的URL。

4. 然后，从Gitee项目拉取最新的更改到服务器上。使用以下命令：

   ```
   git pull origin master
   ```

   如果您使用的是不同的分支，请将 `master` 替换为您要拉取的分支名称。

   这将更新服务器上的文件，使其与Gitee项目保持同步。

5. 确保您在服务器上正确配置了Flask项目所需的依赖项，以确保项目能够正常运行。如果依赖项已经安装，您无需重新安装。

现在，您的服务器上的Flask项目应该与Gitee上的项目同步了，并且保留了之前已安装的依赖项。请确保按照上述步骤进行同步，并在服务器上进行必要的配置以使项目正常运行。

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根据您提供的输出信息，错误提示显示有本地文件的更改将被合并覆盖，并且还有一些未跟踪的工作树文件会被合并覆盖。

这意味着在执行 `git pull origin master` 命令之前，您在本地对文件进行了修改或添加了一些未跟踪的文件。

为了解决这个问题，您有以下两个选项：

1. 提交或储藏更改：如果您对本地文件的更改是有意的，并且希望保留这些更改，请按照以下步骤操作：

   a. 使用 `git status` 命令查看有哪些文件被修改或添加。

   b. 使用 `git add <文件名>` 命令将更改的文件添加到暂存区。

   c. 使用 `git commit -m "提交消息"` 命令提交更改，并为提交添加相应的提交消息。

   d. 执行 `git pull origin master` 命令再次尝试拉取远程更改。

2. 暂存或移除更改：如果您对本地文件的更改不重要，或者您想要在拉取远程更改之前移除这些更改，请按照以下步骤操作：

   a. 使用 `git stash` 命令将当前的更改暂存起来。

   b. 执行 `git pull origin master` 命令拉取远程更改。

   c. 如果需要，可以使用 `git stash pop` 命令还原之前暂存的更改。

请根据您的需求选择适合的选项，并按照上述步骤操作以解决冲突并将服务器上的文件与Gitee同步。