PDB文件格式总结

pdb格式文件中对结构有充分的介绍。包括结构所得日期, 文献, 解析方式, 序列信息, 残基缺失情况, 原子坐标等等, 我们可以先用记事本或者写字板打开

PDB文件中的记录类型

标题部分

HEADER：分子类, 公布日期, ID号
OBSLTE：注明此ID号已废弃, 改用新ID号
TITLE：说明实验方法类型
CAVEAT：可能的错误警告
COMPND：化合物分子组成
SOURCE：化合物来源
KEYWDS：关键词
EXPDTA：测定结构所用的实验方法
AUTHOR：结构测定者
REVDAT：修订日期及相关内容
SPRSDE：已撤销或更改的相关记录
JRNL：发表坐标的期刊
REMARK REMARK 1：有关文献 REMARK 2：最大分辨率 REMARK 3：用到的程序和统计方法. 记述结构优化的方法和相关统计数据 REMARK 4-999: 其他信息

一级结构

DBREF：其他序列库的有关记录
SEQADV：PDB与其他记录的出入
SEQRES：残基序列
MODRES：对标准残基的修饰

杂因子

HET: 非标准残基
HETNAM：非标准残基的名称
HETSNY：非标准残基的同义字
FORMOL: 非标准残基的化学式

二级结构

HELIX：螺旋. 标识螺旋的位置和类型 (右手 $\alpha$ 螺旋等), 每个螺旋一条记录.
SHEET：片层. 标识每个片层的位置, 类型 (sense, 如反平行等), 相对于模型中每个束的片层 (如果存在的话) 中前一束的说明, 每个片层一条记录.
TURN: 转角

连接注释

SSBOND：二硫键. 定义半胱氨酸CYS残基
之间的二硫键
LINK：残基间化学键
HYDBND：氢键
SLTBRG：盐桥
CISPEP：顺式残基

晶胞特征及坐标变换

CRYST1：晶胞参数 (NMR除外). 记述晶胞结构参数 (a, b, c, $\beta, \gamma$ , 空间群) 以及 $Z$ 值 (单位结构中的聚合链数).
ORIGXn：直角-PDB坐标
SCALEn：直角-晶体分数坐标 $(\mathrm{n}=1,2,3$ , NMR除外). 说明数据中直角坐标向晶体分数坐标的变换因子.
MTRIXn：非晶相对称
TVECT: 平移矢量

坐标部分

MODEL：多亚基时显示亚基号当一个PDB文件中包含多个结构时 (例：NMR结构解析), 该记录出现在各个模型的第一行. MODEL记录行的第11-14列上记入模型序号. 序号从 1 开始顺序记入, 在11-14列中从右起写. 比如说有 30 个模型, 则第 1 至 9 号模型, 该行的7-13列空白, 在14列上记入 1-9的数字; 第10-30号模型, 该行的7-12列空白, 13-14列上记入 $10 - 30$ 的数字.
ATOM：标准残基的原子. 记述标准残基 (氨基酸以及核酸) 中各原子的原子名称, 残基名称, 直角坐标 (单位埃), 占有率, 温度因子等信息.
SIGATM：标准差
ANISOU：各向异性
SIGUIJ：各种温度因素导致的标准差
TER: 残基链的末端. 表示残基链的结束. 在每个聚合链的末端都必须有TER记录, 但因序列无序造成的链中断处不需要该记录. 例如, 一个血红蛋白分子包含四个亚链. 彼此之间并不相连. TER标识了每条链的结束, 以防显示时这条链与下一条相连.
HETATM：非标准残基的原子. 记述非标准残基 (标准氨基酸以及核酸以外的化合物, 包括抑制剂, 辅因子, 离子, 溶剂) 中各原子的原子名称, 残基名称, 直角坐标 (单位埃), 占有率, 温度因子等信息. 与ATOM记录的唯一区别在于HETATM残基默认情况下不会与其他残基相连. 注意, 水分子也应放在此记录中.
ENDMDL：亚基结束. 与MODEL记录成对出现, 记述在各模型的链末端的TER记录之后.