1、擦写方式不同

FLASH在写新的数据前必须先擦除，而且经常是只允许整页擦除，没有办法擦除一个字节，换句话说，只能成块的读写，特别是写。

EEPROM写之前不需要擦除，可以每次改写一个字节。当然，也有缺点，EEPROM读写速度慢，另外，容量比较小，也就是说EEPROM要贵。

2、使用情况不同

对单片机来说，关键性的数据，如传感器的标定数据，用户配置参数等，用EEPROM存储，而像文件等大容量的数据记录，或者经常读但很少写的数据，可以用FLASH闪存存储，像图片、字库、文件记录。

除了操作次数相当高外，操作时间也很短，基本上命令发完就完成了读写操作，不需要eeprom的写等待查询。

3、擦写次数不同

eeprom比flash多很多，一般flash数据保证保存10年擦写的次数在几千次（现在有些已经到了上万次），eeprom的数据比这个大，但普通eeprom也是有限制。

如果要“无限制”，可以选择FRAM，它虽然读一次和写一次都算一次操作，但操作次数可以到10的12次方级别，基本可以认为是无限。

总结

 flash是用来存储代码的，在运行过程中不能改；EEPROM是用来保存用户数据，运行过程中可以改变，比如一个时钟的闹铃时间初始化设定为12：00，后来在运行中改为6：00，这是保存在EEPROM里，不怕掉电，就算重新上电也不需要重新调整到6：00

两者都是非易失性存储器
FLASH的全称是FLASH EEPROM，但跟常规EEPROM的操作方法不同
FLASH和EEPROM的最大区别是FLASH按扇区操作，EEPROM则按字节操作，二者寻址方法不同，存储单元的结构也不同，FLASH的电路结构较简单，同样容量占芯片面积较小，成本自然比EEPROM低，因而适合用作程序存储器，EEPROM则更多的用作非易失的数据存储器。当然用FLASH做数据存储器也行，但操作比EEPROM麻烦的多，所以更“人性化”的MCU设计会集成FLASH和EEPROM两种非易失性存储器，而廉价型设计往往只有FLASH，早期可电擦写型MCU则都是EEPRM结构，现在已基本上停产了。
一般来说eeprom中存放开机是用到的参数，不可丢失的变量等，而FLASH中会存放程序，记录文件等。