大家好，我是小马老师。
本文介绍lammps斜交模型转正交模型的方法。
多数晶体的模型都能在网上下载到对应的cif文件，但很多cif文件初始结构不是正交的，如sio2的初始结构：

对这种结构进行扩胞后，得到的模型也是一个斜交模型。
虽然lammps支持斜交模型的模拟，但是在模拟过程中有一定的限制，如斜交模型的变形量不能太大，超过限定值后会提示错误。
所以，多数情况下，把斜交的模型变成正交模型会更好一些。
斜交改正交后，只是改变了整体盒子的形状，并没有改变原子间的相对位置，材料的性质是完全一样的。
斜交改正交方法有很多，本文介绍常见的2种方法。
（1）ms
在ms中，斜交改正交，可使用重定义晶格的方法。
例如，导入sio2的模型，选择菜单：

设定新的晶格，对于120度夹角的晶格，直接按下图参数更改

确定之后，晶格就变成了正交

（2)atomsk
atmosk改正交使用-orthogonal-cell命令，方法很简单：

atomsk sio2.cif -orthogonal-cell sio2.lmp

转为正交后的sio2.lmp：

不论初始的夹角为多少度，都可以使用atomsk转为正交结构。
斜交转正交后，晶格的划分方法变了，所以晶格的尺寸和晶格内原子个数均发生变化，在扩胞的时候，需要按正交后的晶格尺寸计算最终的盒子尺寸。