安装

三个开放源：

CRAN(R语言官网) 链接:https://www.r-project.org/
Bioconductor 链接: http://www.bioconductor.org/
Github 链接: https://github.com/

五种方法：

1、R官网(CRAN)直接下载安装

直接下载安装所需R包，如安装readr：

install.packages('readr')

2、Bioconductor下载安装

如R官网无所需包，可选用Bioconductor，需先安装BiocManager包，再用BiocManager包install函数安装所需包，如安装Rsubread：

install.packages('edgeR',repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rsubread")

3、Github下载安装

若前两种未安装成功，可考虑使用Github安装，需先安装devtools包，再用devtools包install_github函数安装，且需要在其前加上该包所在的库名，如安装ggplot2：

install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('tidyverse/ggplot2')

4、conda安装

省心的办法，直接conda安装,如安装ggplot2

conda search r-ggplot2
conda install r-ggplot2 -c bioconda

5、手动将R包安装。

手动获得安装包，借助install.packages()函数安装，如安装ggplot2

download.file("http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/	ggplot2_3.3.5.tar.gz","	ggplot2_3.3.5.tar.gz")
install.packages("ggplot2_3.3.5.tar.gz", repos = NULL)

查看已安装包

installed.packages()

查看包提供的函数

 help(package='package_name')#如查看ggplot2帮助help(package='ggplot2')

卸载

彻底删除包：

remove. packages(“package_name” , lib = file .path(“package_path”))
#如卸载“ggplot2”
remove. packages(“ggplot2” , lib = file .path(“/usr/local/lib/R/library”))