我们在使用软件包时总是不断的出现各种各样的bug，尤其对于初学者简直就是科研路上的拦路虎，死死的挡住了科研的道路，鉴于小编写公众号时同样会遇到各种问题和困难，因此特意将这些bug记录下来，并分析给大家解决办法，希望尽微薄之力助大家一臂之力。

今天就分析一个单细胞富集分析报错 (singleseqgset)的问题以及解决办法。

报错信息：

logfc.data <- logFC(cluster.ids=as.vector(ser@meta.data$real_id),expr.mat=ser@assays$RNA$data)
Error in if (!class(expr.mat) == "dgCMatrix") { : the condition has length > 1

问题解读：

这个报错信息是说 if 条件的长度大于1 也就是出现多个 TRUE，或者 FALSE, 这样肯定是不对，那么问题出现在class，那么我们看下class的使用方法：

class (as.matrix (1)) "matrix" "array" This is because an array in R is a vector with multiple dimensions, and the matrix is a special type of array with exactly two dimensions, so every matrix is an array.

https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/16362/converting-a-matrix-array-to-matrix#:~:text=%3E%20class%20%28as.matrix%20%281%29%29%20%22matrix%22%20%22array%22%20This%20is,a%20matrix%20is%20telling%20us%20here%2C%20see%20http%3A%2F%2Fadv-r.had.co.nz%2FData-structures.html

expr.mat <- matrix(c(3:14), nrow = 4, byrow = TRUE)
print(expr.mat)
#     [,1] [,2] [,3]
# [1,]    3    4    5
# [2,]    6    7    8
# [3,]    9   10   11
# [4,]   12   13   14
class(expr.mat)
# [1] "matrix" "array"

我们注意到执行class(expr.mat)后其实是获得两个元素的向量，因此会报错：the condition has length > 1

解决办法：

将 if (!class(expr.mat) == "dgCMatrix")  改为 if (!class(expr.mat)[1] == "dgCMatrix")

修改之后我们再运行：

if (!class(expr.mat)[1] == "dgCMatrix") {print(expr.mat)}
#      [,1] [,2] [,3]
# [1,]    3    4    5
# [2,]    6    7    8
# [3,]    9   10   11
# [4,]   12   13   14

这样就可以运行了，具体看下 singleseqgset 实操代码：

1. 下载软件包：在git上找到singleseqgset下载到本地。

2. 在软件包里面直接复制出来如下两个R脚本。

3. 使用 Rstudio 打开 "cluster_logfc.R"脚本文件，找到需要修改的字段，直接修改即可。

4. 使用 Rstudio 打开 "wmw_gsea.R"脚本文件，找到需要修改的字段，直接修改即可。

5. 保存之后，可以通过source()的方式直接调取脚本，如下：

也可以再次打包为软件包，本地加载即可。

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