与细菌多样性分析类似，在真核微生物中也有三类核糖体RNA（rRNA），包括5.8S rRNA、18S rRNA和28S rRNA。
18S rRNA基因是编码真核生物核糖体小亚基的DNA序列，其中既有保守区，也有可变区（V1-V9，没有V6区）。保守区域反映了生物物种间的亲缘关系，而可变区则能体现物种间的差异，适用于作种级及以上的分类标准。其中，V4区是文献中常用的检测片段。 

 真核微生物18S rRNA基因组成及引物选择 

真核微生物多样性分析流程图如下： 

• 数据库：Silva，RDP

微基生物拥有Silva、RDP数据库，其中Silva数据库是目前使用最广泛的数据库，目前涵盖非重复18S rRNA基因序列及分类信息51553条。

• 高通量测序

微基生物是国内首家采用Illumina-MiSeq 2×300 bp平台进行微生物生态研究，其读长可达到550 bp，适合对真核生物18S rRNA基因的V4区进行测序分析。

• 生信 / 统计分析

   

结果展示：

案例分析： 

标题：北冰洋中心区新开水域微微型浮游植物优势地位分析  

分析物种：微微型浮游植物 

高通量测序平台：Roche 454 

测序区域：18S V4区 

主要实验结果： 微微型浮游植物为该海域的优势群落，可占叶绿素生物量的44%-80%。青绿藻、硅藻、蓝细菌、金藻及甲藻为鉴定出的主要光合浮游生物纲，分别占到微微型浮游植物的0–88%, 2–80%, 0–20%, 4–14% 及2–11%。其中真核生物的优势属（种）为塔胞藻Pyramimonas (Pyramimonas gelidicola), 微胞藻Micromonas (Micromonas pusilla) 及棕囊藻Phaeocystis。值得注意的是，高通量测序分析的结果表明，塔胞藻要比泛北冰洋优势种微胞藻的相对丰度高3倍；而Pyramimonas gelidicola也为第一优势种，要比一直认为的北冰洋夏季第一优势种Micromonas pusilla高1.5倍。典型相关性分析（CCA）结果表明：纬度和盐度是影响微微型浮游植物群落组成及分布的主要因素。  图1 微微型浮游植物的群落组成及环境因子分布的CCA展示图  图2 微微型浮游植物的群落组成（基于HPLC 色素分析及CHEMTAX方法）

 

原文链接：Dominance of picophytoplankton in the newly open surface water of the central Arctic Ocean | SpringerLink 参考文献：
Zhang, F., J. He, L. Lin and H. Jin (2015). “Dominance of picophytoplankton in the newly open surface water of the central Arctic Ocean.” Polar Biology 38(7): 1081-1089.