计算机软件处理化学数据,化学中的常用计算机软件与资源程功臻武汉大学化学系计算机作为一.pdf...

news/2024/11/28 11:55:53/

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化学中的常用计算机软件与资源

程功臻

武汉大学化学系

计算机作为一种化学学习和研究的工具有着不可替代的作用。它不仅能够帮助我们进行文字

及图形处理等文书工作,而且可以在化学学习与研究的各个方面协助我们更快、更好的工作。本

章介绍一些常用的能在PC 机上使用的化学类软件,以期能帮助读者在自己的学习和研究中做出

有效、快速的选择。

化学结构式

有关化学结构式编辑的软件市面上非常之多,它们各有所长。既有商品的,亦有对教育界及

家用免费的。其功能主要是描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、简单的实验装

置图等化学常用的平面图形的绘制。常见的这类软件有:ChemDraw, ChemWindow, ISIS Draw,

ChemSketch 等。前两个为商业软件,有关它们的资料可以查阅各自的网站

和 ,最新版本分别为6.0 和6.5 。后两个对教育界及家用为免费软件,

可以在它们各自的网站 和 上下载,最新版本分别为

2.2 和4.0 。

ChemDraw 为当前最常用的结构式编辑软件,除了以上所述的一般功能外,其ultra 版本还

可以预测分子的常见物理化学性质如:熔点、生成热等;对结构按IUPAC 原则命名;预测质子

及碳 13 化学位移等。

ChemWindow 的一个最突出的特点是与光谱的结合,它的6.5 Spectroscopy 版本包括了一个

约五万张13C NMR 的数据库(达250 兆) ,因而其预测更加精确;除了根据化合物的结构预测13C

NMR 化学位移外,还能预测红外图谱、质谱等,更可以读入标准格式的 NMR 、IR 、Raman 、

UV 及色谱图。

这些程序虽然可以画出非常好的二维化学结构,但除了ChemSketch 外,要表现出三维的化

学结构则十分困难,必须依赖于一些专门的3D 软件来实现。

三维结构

比较有名的化学三维结构显示与描绘软件有:Chem3D, WebLab Viewer Pro, RasWin,

ChemBuilder 3D, ChemSite 等,它们都能够以线图(wire frame), 球棍(ball and stick), CPK 及丝带

(ribbon)等模式显示化合物的三维结构。其中的RasWin 和WebLab Viewer 的Lite 版只能显示而无

法编辑三维分子模型,为免费软件,RasWin 可以在几乎所有的化学软件站点找到,WebLab Viewer

的下载地址为 。

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wire frame ball and stick CPK

Chem3D 同ChemDraw 一样,是ChemOffice 的组成部分,它能很好地同ChemDraw 一起协

同工作,ChemDraw 上画出的二维结构式可以正确地自动转换为三维结构。它的ultra 版本还包

括了一个很好的半经验量子化学计算程序 MOPAC 97 ,并能与著名的从头计算程序 Gaussian98

连接,作为它的输入、输出界面。能够以三维的方式显示量子化学计算结果,如:分子轨道、电

荷密度分布等。

WebLab Viewer 的pro 版本表现生物分子和晶体结构的能力比较强。可以从下图看出:

Porin Sorbate In Zeol

数据处理

化学中的数据处理多种多样,对不同的数据处理要求宜采用不同的软件完成。通用型的软件

如:Origin, SigmaPlot 等可以根据需要对实验数据进行数学处理、统计分析、付立叶变换、t-试

验、线性及非线性拟合;绘制二维及三维图形如:散点图、条形图、折线图、饼图、面积图、曲

面图、等高线图等。Origin 的最新版本为6.0,其演示版可以从 下载,

SigmaPlot 的最新版本为2000


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