在Spring Boot 中，可以通过 application.properties（或 application.yml）文件来配置应用的属性。此外，还可以通过使用命令行参数、操作系统环境变量和外部文件等方式覆盖 application.properties 中的属性值，例如使用 --spring.config.location 参数指定外部的配置文件。

对于 application.properties 和用户指定的配置文件，配置项相同时，优先级如下：

1. 命令行参数和操作系统环境变量的优先级最高，会覆盖其他的属性值。例如：

   java -jar myproject.jar --server.port=9090

   这里设置了 server.port 属性为 9090，会覆盖 application.properties 中配置的相同属性。

2. 在项目的外部文件中指定的配置文件优先于 application.properties，即当外部文件中和 application.properties 中同时存在相同的配置项时，以外部文件中的配置为准。例如：

   java -jar myproject.jar --spring.config.location=classpath:/custom/application.properties

   这里指定的配置文件路径为 classpath:/custom/application.properties，在此文件中指定的配置项将会覆盖 application.properties 中的相同配置项。

3. 配置文件中的属性值可以被环境变量所覆盖。此时，环境变量的名称需使用 SPRING_APPLICATION_JSON 作为前缀，并使用 JSON 格式来指定属性值。例如：

   export SPRING_APPLICATION_JSON='{"server.port":"9090"}'java -jar myproject.jar

 这里设置了 SPRING_APPLICATION_JSON 环境变量，将 server.port 属性设置为了 9090，会覆盖 application.properties 中配置的相同属性。

4. 在 application.properties 中配置的属性值优先级最低，也就是当其他方式均未指定相应的配置项时，会使用 application.properties 中指定的值。

注意：这里所说的“优先级”仅针对相同的配置项而言。对于不同的配置项，各自的优先级取决于其被读取的顺序以及使用的默认值等。