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组装得到基因组的序列只是开展基因组研究的第一步,基因的结构是基因组后续功能研究的基石。在NCBI中,除了提供基因组序列外,还提供了基因结构的信息,采用的就是GFF格式。human示例如下
GFF全称Generic Feature Format, 描述了基因组上各种特征的区间信息,包括染色体,基因,转录本等。GFF文件本质上是一个\t分隔的,共9列的纯文本文件。
1. column1
第一列是seqid, 代表序列ID, 通常是染色体的ID, 每条染色体拥有一个唯一的ID。
2. column2
第二列是source, 代表基因结构的来源,可以是数据库的名称,比如来自genebank数据库,也可以是软件的名称,比如用GeneScan软件预测得到,当然,也可以为空,用.点号填充。
3. column3
第三列是type, 代表区间对应的特征类型,比如gene, exon等。
4. column4
第四列是start, 代表区间的起始位置。
5. column5
第四列是end, 代表区间的终止位置。
6. column6
第六列是score, 软件提供了统计值,如果没有,就用.填充。
7. column7
第七列是strand, 代表正负链的信息, +表示正链,-表示负链,?表示不清楚正负链的信息,当正负链信息没有意义时,可以用.填充。
8.