文章主要是对GDC-client工具下载TCGA数据库数据整个过程的一个记录
1.下载GDC-client工具
GDC-client工具网址:GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)
我这里下的是上图中红圈中的版本,
2.解压安装
从网上了解的是不能解压到带中文的路径里,解压后是一个.exe文件,为了能直接在cmd命令行下使用,将其加入系统环境:
点击新建之后,输入将文件解压到的路径,然后,一路点确定就可以了
测试是否添加成功:
这个结果显示已成功
3.修改配置文件
这是默认的参数
在解压GDC-client的路径创建一个dtt文件,将上图参数存入其中,任意一个参数的值按自己需求修改,可参考https://www.jianshu.com/p/bea374ce82b3
4.下载数据
将你需要的数据加入下图中的红框所示位置
然后将红框中所示文件下载到你解压GDC-client的路径(这里也不一定,后面用的时候把全路径写上也行,只是前面已将GDC-client加入环境变量了,下载到你解压GDC-client的路径可以直接用)
开始下载
显示下载成功