在 py-mmcif
包中,entity_poly
对象和 pdbx_poly_seq_scheme
对象都与生物大分子(如蛋白质和核酸)的序列和结构信息相关,但它们的目的和包含的信息有所不同。以下是它们之间的区别和联系:
1. 对象定义与结构
-
entity_poly
对象:- 用于描述生物大分子的聚合体(如多肽或核酸)。
- 包含的信息包括:
- entity_id: 每个聚合体的唯一标识符。
- type: 表示聚合体的类型,如“polypeptide(L)”或“oligonucleotide”。
- pdbx_strand_id: 在 PDB 中的链标识符。
- pdbx_seq_one_letter_code_can: 标准氨基酸或核苷酸的单字母代码序列。
- num_poly_seq: 聚合体中残基的数量。
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pdbx_poly_seq_scheme
对象:- 用于描述聚合体中每个氨基酸或核苷酸的具体序列信息。
- 包含的信息包括:
- entity_id: 关联的聚合体 ID(可以与
entity_poly
中的 entity_id 对应)。 - seq_id: 在该聚合体的
- entity_id: 关联的聚合体 ID(可以与