py-mmcif 包entity_poly 对象介绍

news/2024/9/28 23:52:26/

在 py-mmcif 包中,entity_poly 对象和 pdbx_poly_seq_scheme 对象都与生物大分子(如蛋白质和核酸)的序列和结构信息相关,但它们的目的和包含的信息有所不同。以下是它们之间的区别和联系:

1. 对象定义与结构

  • entity_poly 对象

    • 用于描述生物大分子的聚合体(如多肽或核酸)。
    • 包含的信息包括:
      • entity_id: 每个聚合体的唯一标识符。
      • type: 表示聚合体的类型,如“polypeptide(L)”或“oligonucleotide”。
      • pdbx_strand_id: 在 PDB 中的链标识符。
      • pdbx_seq_one_letter_code_can: 标准氨基酸或核苷酸的单字母代码序列。
      • num_poly_seq: 聚合体中残基的数量。
  • pdbx_poly_seq_scheme 对象

    • 用于描述聚合体中每个氨基酸或核苷酸的具体序列信息。
    • 包含的信息包括:
      • entity_id: 关联的聚合体 ID(可以与 entity_poly 中的 entity_id 对应)。
      • seq_id: 在该聚合体的

http://www.ppmy.cn/news/1531664.html

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