aspera上传数据至NCBI

news/2024/11/13 5:32:43/

aspera安装与使用(NCBI上传下载工具)-生物信息学工具31

要使用Aspera命令行上传文件并完成提交,您可以按照以下步骤操作:

第一步:准备您的文件
  1. 组织文件:确保每个提交的序列文件都在一个目录中,不要在目录中创建复杂的子目录结构。
  2. 创建新目录:为每次提交创建一个新的目录。这个目录是临时的,会在提交处理完毕后被删除。
  3. 命名规范:文件和文件夹名称应使用ASCII纯文本字符,尽量只使用大写或小写字母(A-Z)、数字(0-9)、连字符(-)和下划线(_)。确保单个文件小于100 GB。
第二步:安装Aspera Connect软件
  1. 下载并安装:Aspera Connect 软件。
第三步:获取密钥文件
  1. 下载密钥文件:密钥文件是上传的关键,确保保密,不要将其分享或公开发布。
第四步:使用Aspera命令行上传文件
  1. 打开命令行终端。

  2. 使用以下命令上传文件:
ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/xingyuanyuan01_126.com_5zAHTWNu
###其中:
<path/to/key_file>:为密钥文件的绝对路径,例如:/home/keys/aspera.openssh
<path/to/folder/containing files>:为包含所有要上传文件的本地文件夹路径。
第五步:完成提交
  1. 上传完成后,返回提交页面并选择已上传的文件夹。
  2. 提交时间:请在创建文件夹后的30天内完成提交。如果在30天内没有完成提交,这些文件将被自动删除。
注意事项
  • 如果上传的数据量超过5 TB,请先与对方联系。
  • 建议新提交者先尝试小量数据的提交,以熟悉流程。
  • 文件上传后需要至少等待10分钟才能在提交页面中选择。
  • 如果将文件上传到帐户级目录,将无法用于提交,且会在30天不活动后被删除。
示例

假设您的密钥文件在/home/user/keys/aspera.openssh,文件夹路径为/home/user/data/,您可以使用以下命令上传:

ascp -i /home/user/keys/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d /home/user/data/ subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/xingyuanyuan01_126.com_5zAHTWNu

上传完成后,返回提交页面选择文件夹并完成提交。


http://www.ppmy.cn/news/1516635.html

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