使用 MySQL 中的 NOT IN 子句时，需要小心，因为它可能会导致性能问题，尤其是在大型数据集上。这是因为 NOT IN 子句需要对数据集进行全表扫描来查找不匹配的行。在优化 NOT IN 子句时，考虑以下几种方法：

1. 使用 LEFT JOIN 和 IS NULL： 一个常见的优化方法是使用 LEFT JOIN 将两个表连接起来，然后使用 IS NULL 来查找不匹配的行。这通常比 NOT IN 更高效，因为它利用了索引：

   SELECT t1.id FROM table1 t1 LEFT JOIN table2 t2 ON t1.id = t2.id WHERE t2.id IS NULL;

2. 使用 EXISTS 子查询： EXISTS 子查询通常比 NOT IN 更高效，因为它会在找到第一个匹配项后停止搜索。这可以减少不必要的扫描：

   SELECT id FROM table1 t1 WHERE NOT EXISTS (SELECT 1 FROM table2 t2 WHERE t1.id = t2.id);

3. 使用 NOT EXISTS 子查询的索引： 确保在连接列上有索引，以提高查询性能。

4. 使用 INNER JOIN 和 DISTINCT： 如果你确实需要使用 IN，尝试将子查询结果限制为唯一值，然后与主查询使用 INNER JOIN。这可以降低重复值的影响：

   SELECT t1.id FROM table1 t1 WHERE t1.id IN (SELECT DISTINCT id FROM table2);

5. 适当的索引： 确保你的表上有适当的索引，尤其是连接列和子查询中使用的列。索引可以大幅提高查询性能。

6. 分页处理： 如果你在处理大量数据时仍然遇到性能问题，可以考虑分页处理数据，以减小每次查询的数据集大小。

7. 定期优化表： 定期执行表优化操作，以减小表碎片并提高查询性能。

最终，优化 SQL 查询取决于具体的数据库结构和查询要求。你应该根据你的情况尝试不同的方法，并使用查询性能分析工具来评估哪种方法最适合你的应用程序。