在Spring Boot中，如果你使用@Component注解来标记自定义过滤器类而不使用@Configuration注解，可能会有以下一些潜在的问题和限制：

过滤器顺序问题：使用@Component注解标记的类是被自动扫描并创建为Bean的，它们的注册顺序是不确定的。这可能导致你的过滤器在过滤器链中的位置不正确，从而影响过滤器的执行顺序和逻辑。

无法添加过滤路径：通过@Configuration注解的配置类，可以使用FilterRegistrationBean进行自定义过滤器的注册，并通过urlPatterns()方法指定过滤路径。但是使用@Component注解的类无法直接在配置类中进行这样的配置，因此可能需要额外的手段来设置过滤路径。

过滤器的生命周期管理：使用@Component注解的过滤器无法像@Configuration注解的过滤器那样受Spring容器管理，无法享受到自动的生命周期管理，例如依赖注入和资源释放等。这可能增加了对过滤器的手动管理和处理的复杂性。

总体而言，使用@Component注解而不使用@Configuration注解作为自定义过滤器的标记，可能会引起过滤器顺序的不确定性、无法设置过滤路径以及缺乏生命周期管理等问题。推荐使用@Configuration注解来定义过滤器的配置类，并使用FilterRegistrationBean进行过滤器的注册和路径设置，以确保过滤器能够被正确注册、设置过滤路径，并充分利用Spring容器的生命周期管理机制。