网络药理学:autodock tool(mgltools)实现大分子蛋白(PDB ID已知)和小分子配体的分子快速实践流程总结

embedded/2024/12/22 14:05:32/

前言

本篇文章的详情位于:http://t.csdnimg.cn/E8sHZ
这里是快速实践的流程总结版(正文步骤都需要在autodock tools中进行)。
前置准备:

  • pocasa预测大分子蛋白并下载PDB格式文件:https://g6altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/
  • pymol前置处理大分子蛋白,保存为PUB ID_pymoled.pdb格式文件

大分子蛋白准备

  • 加载蛋白:选择File/Read Molecule后选择文件加载
  • 加氢:选择Edit/Hydrogens/Add进行加氢,弹出两个页面都直接选YES
  • 计算总电荷:选择Edit/Chargs/Compute Gasteiger
  • 指定原子类型:选择Edit–Atoms–Assign AD4 type
  • 转为pdbqt文件:选择File/save/write PDBQT后直接点击OK

小分子配体准备(如果事先准备了小分子的pdbqt文件,可以跳过)

  • 重新打开autodock tools软件,或者点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空页面。
  • 加载配体:选择Grid/Input/Open(可能跳出弹窗,直接选择yes即可)
  • 选择并判断配体的Root:选择Ligand> Torsion Tree > Choose Root”和“Ligand > Torsion Tree > Detect Root
  • 加载更多Root:选择Ligand > Torsion Tree > Show Root Expansion
  • 查看可旋转的键:选择Ligand > Torsion Tree > Choose Torsion
  • 保存成PDBQT:选择Ligand—Output > Save as PDBQT
  • 随后点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空软件页面

Grid map准备

  • 重新打开autodock tools软件,或者点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空页面。
  • 加载大分子蛋白:选择Grid > Macromolecule > Open(冒出三个弹窗,全都选Yes
  • 加载小分子配体:选择Grid > Set Map Types > Choose Ligand…Grid > Set Map Types > Open Ligand…
  • 移动小分子配体:……
  • 设置并保存对接口袋:选择Grid > Grid Box…设置好口袋大小后点击Grid Options弹窗的File > Close saving current退出。
  • 保存GPF文件选择Grid > Output > Save GPF...,命名类似7xvy_0472.gpf
  • 运行Grid:选择Run > Run AutoGrid
  • 点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空软件页面。

正式分子对接

  • 加载大分子蛋白:选择Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename…
  • 加载小分子配体:选择Docking > Ligand > Choose...或选择Docking > Ligand > Open...
  • 设置算法:选择Docking > Search Parameters > Genetic Algorithm,默认设置,点击Accept
  • 导出DPF文件:选择Docking > Docking Parameters…,默认设置,点击Accept
  • 保存算法:选择Docking > Output > Lamarckian GA (4.2)…。文件名类似7xvy_0472.dpf
  • 运行Dock:选择Run > Run AutoDock
  • 点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空软件页面

结果分析

  • 打开.dlg文件:Analyze > Dockings > Open...。(可能有warning弹窗,直接选择ok就好)
  • 显示 Receptor大分子蛋白:Analyze > Macromolecule > Open...
  • 查看分子对接结果:Analyze > Conformations > Play, ranked by energy...
  • 保存成pdbqt格式文件:点击Write Complex图标,命名类似7xvy_0472.pdbqt

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