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一、grep

（1）用文件查找

二、正则表达式

三、sed命令

四、awk命令 

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grep、sed、awk可以称作linux里的三驾马车

一、grep

grep：一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式匹配模式搜 索文本，并把匹配的行打印出来

格式：grep [options] pattern file

常见参数：

-w：word 精确查找某个关键词 pattern

-c：统计匹配成功的行的数量

-v：反向选择，即输出没有匹配的行

-n：显示匹配成功的行所在的行号

-r：从目录中查找pattern

-e：指定多个匹配模式

 【使用-i 忽略大小写，所以UTR也能被检测出来】

-f：从指定文件中读取要匹配的 pattern

-i：忽略大小写

（1）用文件查找

【首先创建一个文件，编辑文件】

【编辑好内容后，按Esc，退出编辑模式，然后按:wq退出并保存】

【在面板上输入命令】

【就可以按照文件里的内容查找啦~】

二、正则表达式

正则表达式：是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先 定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个 “规则字符串” ，这个“规则字符串”用来表达对字符串的 一种过滤逻辑。

【只输出查找的那一行，以W开头的那一行】

 【找以‘）’结尾的行】

 

三、sed命令

sed：流编辑器，一般用来对文本进行增删改查

用法：sed [-options] 'script' file(s)

常见参数：

-n ：禁止显示所有输入内容，只显示经过sed处理的行(常用)

-e ：直接在命令模式上进行 sed 的动作编辑，接要执行的一个或 者多个命令

-f ：执行含有 sed 动作的文件

-r ：sed 的动作支持的扩展正则(默认基础正则)

-i ：直接修改读取的文件内容，不输出。

常见 'script' address ：

2 ∶第 2 行

2,4 ∶第 2 行到第 4 行

2,$ ∶第 2 行到最后一行，$ 表示最后

2~3 ∶从第 2 行开始，每隔 3 行取一行2、5、8

2,+4 ∶从第 2 行到 2+4 行

/pattern/ ：匹配上 pattern 的行

[!] ：表示否定，取反： '2 !' 表示除了第二行

常见 'script' command ：增删改查

a∶append，在指定行的后增加一行，内容为 a 的后面接的字串

【原文件】

【在第一行后添加‘hello word’】

i∶insert，在指定行的前增加一行，内容为 i 的后面接的字串

d∶delete，删除某一行或者某几行，也可以指定删除匹配上的行

c∶change，改变指定行的内容

s∶更改或替换字符串，使用格式为 's/pattern/new/[flags]' ，

把pattern替换成new，默认只替换一个，可以指定flags

y∶转换，实现字符一对一转换，格式 ‘y/abc/ABC/'

p∶print，把匹配或修改过的行打印出来，通常与–n参数合用

四、awk命令 

awk：也称 gawk，编程语言，可对文本和数据进行处理

常见参数：-F，fields，设置字段分隔符；

用法：awk [options] '{script}'→ file

基础结构： ' {script} '

匹配结构： ' /pattern/{script} '

扩展结构： 'BEGIN{script} {script} END{script}

awk 在读取一行文本时，会用预定义的字段分隔符划分每个数据字段，并分配给一个变量。

● $0 代表整个文本行；

● $1 代表文本行中的第1个数据字段；

●……

● $NF 代表文本行中的最后一个数据字段

awk 默认的字段分隔符是任意空白字符（如：空格 or 制表 符），也可以用 -F 参数自定义分隔符

 

 【这个是输出含有UTR的每一行】

【要注意是单引号还是双引号】