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文章目录
- 介绍
- 构成要素
- 有根树与无根树
- 构建方法
- 应用领域
- 说明的问题
- 教程
- 加载R包
- 数据下载
- 导入数据
- 数据预处理
- 系统发育树可视化
- 准备画图数据
- 1. 构建基础系统发育树 `p1`
- 2. 添加条形图 `p2`
- 3. 添加热图 `p3`
- 4. 添加第二个热图 `p4`
- 输出
- 总结
- 系统信息
介绍
物种系统发育树（Phylogenetic tree），也称为进化树或系统进化树，是一种以树状分支图形来表示各物种或基因之间的亲缘关系的图表。它利用生物的形态特征、分子序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）等数据，通过数理统计算法来计算生物之间的进化关系，从而构建出一个反映物种进化历史的拓扑结构。
构成要素
系统发育树由节点（node）和进化分支（branch）组成：
- 节点：表示一个分类学单元，如属、种群、个体等。分支末端的节点对应一个基因或者生物体，代表实际观察到的最终分类。
- 进化分支：定义了分类单元（祖先与后代）之间的关系，一个分支只能连接两个相邻的节点。
- 分支长度：表示该分支在进化过
