在线绘制带community的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图

导读：分子相互作用网络图揭示了细胞内部分子间的复杂相互作用。通过识别网络中密集连接的节点所形成的社区（community），可以揭示它们之间以前未知的功能联系。这些社区可能代表了具有共同功能的功能模块，对于理解细胞生物学过程、疾病机制以及药物靶点的识别具有重要的科学和临床价值。

《Clinical and Translational Medicine》文章“Whole-transcriptome sequencing uncovers core regulatory modules and gene signatures of human fetal growth restriction”fig 4D的lncRNA-mRNA-miRNA网络图揭示了三种分子间的复杂调控网络，并将整个网络图分成了不同的community，视觉上更有层次感。

本文以蛋白质-蛋白质相互作用数据为例，展示了如何使用微生信云平台在线绘制带community的分子相互作用网络图。

1，打开作图URL

微生信-在线绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI network）

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据包括2列：

第1列是来源（source）节点的名字

第2列是靶（target）节点的名字

第3列是相互作用的score，来自stringdb数据库输出结果的最后一列。

当然，输入也可以是其他能够以网络形式展示的两列名字，和表征它们之间关系强度的数值，例如相关性等。

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择参数。

注：输入检查是新加功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块输入要求。

4，选择参数

图片大小：设置了图片宽度，高度

节点相关：

设置了节点的基础大小，节点大小系数，节点的颜色和节点边的颜色。

节点的大小计算公式为：节点基础大小+图中每个节点的连线（degree）数*节点大小系数。例如，节点基础大小设置为5，节点系数设置为2，则degree为2的节点的大小就是5+2*2=9，degree为3的节点的大小就是5+3*2。若节点系数设置为0，则所有点大小均一样。

边相关：

设置了边的基础大小，边大小系数，边颜色

边的大小（即粗细）计算公式为：边的基础大小+输入数据第3列*边大小系数。例如边的基础大小设置为1，边的系数设置为2，则输入第3列为1的边的大小就是1+1*2=3，输入第3列为0.5的边的大小就是1+0.5*2=2。若节点系数设置为0，或者输入数据只有两列，则所有连线大小均一样。

标注相关：

设置了标注文字的大小和标注文字的颜色

是否按照community绘图：

若按照community绘图，则同一个community的节点会被圈起来

布局：

设置了多种布局方式，默认自动选择最佳布局，还可以是圆形布局，星型布局，网格布局等等

连线线型：

设置了实线（-------），虚线（- - - -），点线（. . . .）和点虚线（.- .- .-）

字体：设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以下载pdf或者svg图片，然后使用acrobat illustrator进行替换或者添加文字

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约3s后，会在页面上显示带community的彩色PPI相互作用网络图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图，进行组图，调整文字位置，添加说明等操作，以满足个性化需求。