蛋白质结构中的pdb_strand_id 和 pdbx_strand_id

devtools/2024/10/18 0:01:40/

在蛋白质结构文件(如 .cif 文件)中,pdb_strand_id 和 pdbx_strand_id 不是同一个概念,它们分别指代不同的字段,具有不同的含义。

1. pdb_strand_id:

  • 这个术语通常在 PDB 数据库的老版本中使用,是指蛋白质结构中的链(chain)标识符。例如,结构中的每条多肽链都会被赋予一个字母或数字标识(如 ABC 等等)。这一标识符有时被称为“strand ID”或“chain ID”。
  • 它主要出现在较早期的 PDB 格式文件(.pdb 文件)中,代表某个特定的链。

2. pdbx_strand_id:

  • pdbx_strand_id 是在 PDBx/mmCIF 文件格式中使用的字段,扩展了传统的 PDB 格式。
  • pdbx_strand_id 与老的 pdb_strand_id 类似,但它是在更复杂的结构下使用,允许更多的字符集和更灵活的命名方式。它通常出现在更现代的 .cif 文件中,用来标识结构中的链。
  • 这个字段允许更复杂的标识符,支持更多字符种类和链标识符的扩展。

区别:

  • 历史背景pdb_strand_id 是旧版 PDB 格式中的概念,而 pdbx_strand_id 是在新的 PDBx/mmCIF 文件格式中使用的。
  • 兼容性pdbx_strand_id 具有更多字符集的支持和更灵活的命名规则,而 pdb_strand_id 受限于传统的格式。

如果你使用的是 .cif 文件格式,通常会使用 pdbx_strand_id 来表示链的标识符。

在从 PDB 数据库下载的序列文件中

(wget https://files.rcsb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_seqres.txt.gz),链的编号通常是 pdb_strand_id,而不是 pdbx_strand_id

具体解释:

  • pdb_seqres.txt.gz 文件是一个用于存储蛋白质和核酸序列的文件,数据来源于 PDB 的 SEQRES 记录。
  • 在这个文件中,链的编号(即链标识符)是基于 PDB 传统格式中的 pdb_strand_id,它主要对应的是 .pdb文件中的链标识符。
  • pdb_strand_id 使用的是传统的单字符(如 ABC 等)或数字来标识每个蛋白质链或核酸链。

因此,在这个序列文件中,链编号与 .pdb 文件格式中的 pdb_strand_id 一致,不是 pdbx_strand_id,因为这个文件的格式相对简单,并未采用 PDBx/mmCIF 的扩展命名规则。


http://www.ppmy.cn/devtools/126586.html

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